公元2027年，Terra展開了對Tokyo Jupiter的滲透行動。與此同時，住在Tokyo Jupiter中的神名綾人如往常一樣開始了一天的生活，在去往學(xué)校的途中，地鐵突發(fā)事故，乘客大都受傷昏迷。綾人跑出去求救，意外地遇到了“同學(xué)”美嶼玲香。而這次相遇也將改變綾人的生活以及世界的命運(yùn)。